夏休みも目前に迫った日のこと、小依は退魔師の母親に本堂に呼び出されある村から受けた妖怪退治の依頼を修行の一環として小依が受けるよう言い渡される。渋々依頼を出した村へと向かった。科学と理論、法と秩序が進んだ時代、神様や妖怪は神話や伝承、御伽話やオカルトとして扱われていた。しかし、世には裏で暗躍する悪い妖怪達が蔓延り、人の世の生活を日々脅かしている。そんな悪い妖怪達を退治する人を‘退魔師’と呼んだ。